司法确认案件是指对于涉及当事人之间民事权利义务的纠纷，经人民调解组织和其他依法成立的具有调解职能的组织调解达成具有民事合同性质的协议后，由双方当事人共同到人民法院申请确认调解协议的法律效力的一种新的案件类型。

关于司法确认案件的管辖问题，根据《若干意见》和《最高人民法院关于人民调解司法确认程序的若干规定》(以下简称《若干规定》)规定，当事人可以在书面调解协议中选择当事人住所地、调解协议履行地、调解协议签订地、标的物所在地基层人民法院管辖，但不得违反专属管辖的规定。人民法院在立案前委派人民调解委员会等调解组织调解并达成调解协议，当事人申请司法确认的，由委派的人民法院管辖。通常情况下，司法确认案件都在调解组织所在地基层人民法院管辖。新民事诉讼法基本上吸收了司法改革的这些成果，明确规定司法确认案件的管辖法院为调解组织所在地基层人民法院。当然，这种规定并不排除双方当事人在不违反专属管辖的前提下进行协议管辖。在个别情况下出现委派法院与管辖法院不一致的，法院也可以通过先立案、后委托、再转化为法院调解书的方式，避免不方便管辖问题的出现。