根据《公司法》的规定，除法定记载事项外，公司章程还可以记载股东会会议认为需要规定的其他事项。现实中确实存在公司章程对股权出质或转让有别于《公司法》一般规定的情况。这些特殊条款会对股东以公司股权出质产生约束。比如章程约定股东以公司股权出质的应当经股东会同意，则出质人在以股权出质前应当按照章程约定告知其他股东，并履行股东会同意的程序。另如章程约定股东不得以公司股权出质或不得转让股权的，则在修改该条款前不能申请办理出质登记。

但是，股权所在公司章程不属于股权出质登记的申请材料，工商部门在办理股权出质登记时仅针对申请材料进行形式审查，无需对公司章程进行审查，也无需收取根据章程提交的股东会决议并进行审查。股权所在公司章程对股权出质或转让有特殊规定的，应当由出质人告知质权人，并按照章程约定履行相关程序。但是，如公司其他股东向工商部门反映章程对股权出质有特殊规定等情形导致工商部门明知该出质未履行法定或约定程序的，应当不予办理出质登记。